Nel 1891 il vetratista bavarese Francesco Saverio Zettler esegue, verosimilmente su disegno di Arturo Viligiardi (1869-1936), i tre finestroni dell’abside, riaperti nel corso dei restauri guidati da Giuseppe Partini (da sinistra: San Silvestro, Sant’Ireneo e San Secondiano). Nel 1893 il fiorentino Ulisse De Matteis porta a termine quanto assegnatogli dall’Opera. Si tratta di un nucleo relativamente consistente di vetrate in stile così articolato: sulla controfacciata è visibile un primo tondo, in corrispondenza della navata sinistra, raffigurante la Beata Nerania Martire, mentre sulla opposta navata è presente un analogo tondo con l’immagine di Quinto Velio. Le tre vetrate della navata centrale comprendono il tondo con il Cristo Pantocratore, affiancato a sinistra e a destra rispettivamente da San Pietro e San Paolo, a figura intera. Sopra l’abside della navata sinistra si trova un tondo con San Giovanni Battista; a destra compare, invece il Beato Marco Vescovo. I danni arrecati alla cattedrale dal secondo conflitto mondiale riguardarono anche la serie delle vetrate. Si rese necessaria, quindi, un’opera di restauro, affidata alle Officine Vetrarie La Diana di Siena, che in alcuni casi determinò la sostituzione delle opere esistenti, come nel caso del San Giovanni Battista o del grande tondo che sovrasta l’abside centrale con l’effige di Santa Mustiola, corredata dalla indicazione dell’anno di esecuzione 1950.